Prema imenu pasmine zaključuje se da je nastao na području Međimurja. Iz prvobitnog uzgojnog područja proširio se i na ostala područja, prije svega u Mađarsku, pokrajina Zala, ali i u ostale dijelove sjeverozapadne Hrvatske. Danas postoje evidentirane dvije populacije ovih konja. Jedna se nalazi u Međimurju, brojčano manja populacija, a druga znatno veća u Mađarskoj.
Međimurski konj nastao je križanjem domaćih kobila, koje su u sebi imale primjese angloarapske krvi, s noričkim pastusima u samom početku uzgoja. Kasnije sve više se uvode u uzgoj linije peršerona, ? amanskog i ardenskog konja. Godine 1861. Međimurje potpada pod mađarsku upravu, pa tako i međimursko konjogojstvo pod upravu ergele Kišber koja je proizvodila rasplodne pastuhe za Međimurje i susjedne krajeve.
Od 1870. godine uzgajao se u Međimurju u dva tipa: lakši tip i teži tip konja. Raspadom Austro - Ugarske Monarhije međimurski uzgoj međimurskog konja odvojen je od velikog uzgojnog područja u Mađarskoj. Između dva svjetska rata međimursko konjogojstvo prepušteno je samo sebi.
Na području Međimurja djelovala je Udruga uzgajivača međimurskog konja od 1979. godine pa do 1991. godine kada prestaje s radom. Tadašnjim radom udruge, iz Mađarske je uvezeno 9 pastuha ,a iz domaćeg uzgoja umatičuje se 120 kvalitetnih rasplodnih kobila. Osamdesetih godina 20. stoljeća dolazi do drastičnog pada broja konja uslijed intenzivne mehanizacije poljoprivredne proizvodnje. Ponovni rad na međimurskom konju počinje 1999. godine kada se u Središnji popis matičnih grla Hrvatskog stočarskog centra upisuje i evidentira 28 grla.
Relativno je male glave i manjih ušiju. Posebna oznaka glave su okrugle živahne, izražajne oči. Vrat je kratak, masivan, mišićav, te nizak i neizražen greben. Prsa su mu široka i duboka, zaobljenih rebara. Leđa su široka i kratka, sapi zaobljene i raskoljene, te dobro obrasle mišićjem. Konja krasi zbijenost i dobra pokrivenost tla. Noge su snažne sa srednje masivnim zglobovima, pravilnih stavova te širokih kopita. Korak mu je pravilan, siguran i izdašan. Od boja prevladava dorat, vranac, te alat.
Ranozrela je pasmina, čvrste konstitucije, dobrog zdravlja i dugovječnosti. Posjeduje uravnotežen karakter i izraženu volju i upornost u radu. Skroman je i jednostavan u hranidbenim zahtjevima. Pretežito jede sijeno s velikom količinom surovih vlakana, a kod većih ? zičkih napora daje se zob, kukuruz bilo u obliku zrna ili njegova prekrupa.
Najbolje rezultate u uzgoju i korištenju, a s obzirom na uzgojnu povijest i cilj, postizao je u ravničarskom dijelu Međimurja koji obiluje vodenim tokovima rijeke Mure i Drave. Na tom području koristio se teži tip radnog konja za vuču i rad u poljoprivredi, dok je lakši tip uglavnom bio za rad u vinogradima.
U ekonomskom smislu kao pasmina radnih konja izgubio je s pojavom mehanizacije u poljoprivredi svoju vrijednost. Danas se prvenstveno uzgaja zbog proizvodnje mesa i speci? čnih proizvoda od mesa. Također je pogodan za proizvodnju kobiljeg mlijeka kao vrlo vrijedne sirovine u kozmetici.
Prema matičnoj evidenciji HSC-a 2000. godine registrirano je svega 28 kobila i 3 pastuha, te ih svrstavamo u skupinu kritično ugroženih pasmina.
Jedna od mjera zaštite je utvrđivanje realne vrijednosti novčanog poticaja kao stimulansa za uzgoj ove pasmine. Nakon toga, nužno je izraditi gospodarske programe korištenja u rekreaciji, hipoterapiji, onosno putem prezentacije, kao dijela turističke ponude kraja u kojem je pasmina i nastala. Udruga uzgajivača međimurskog konja Čakovec osnovana je tijekom 2001. godine.